Phim Đoạn thù cốc xoay quanh các diễn biến đầy kịch tính trong cuộc đời của chàng trai Thạch Hạo Thiên. Là con nuôi của đại tướng quân Vạn Bá Long, Hạo Thiên có võ công cao cường tính tình cương trực, thẳng thắn và yêu chuộng chính nghĩa.
Trong một dịp tình cờ, anh cứu sống Phương Hữu Vi là con trai của một gia đình quyền thế ở trấn Hoà Bình và cô gái thường dân tên bạch Huyên. Phương Hữu Vi bái Hạo Thiên làm thầy, Bạch Huyên nảy sinh tình cảm với ân nhân của mình. a
Những mối liên hệ ân oán giang hồ cũng bắt đầu từ đây. Thạch Hạo Thiên vướng và vòng luẩn quẩn của ân oán và những thủ đoạn nơi giang hồ hiểm ác. Cùng lúc đó, anh còn phải chịu đựng những khó khăn vì sự đố kỵ của Vạn Uy – con trai Vạn Bá Long. Tình tiết phim ngày càng diễn biến phức tạp, những trận chiến xảy ra liên tiếp nhưng cuối cùng kẻ ác phải đền tội, người tốt lấy lại danh dự và được hưởng hạnh phúc.
Trong phim có những chi tiết gợi nghĩ sâu sắc: đại tướng quân Vạn Bá Long và tùy tùng đuổi theo giết con chim ưng gây thương tích cho ái thiếp của Phúc Thân Vương lạc vào sa mạc rồi lại được chính con chim này chỉ cho nguồn nước và thoát chết. Từ đó, họ nhận ra sự vô nghĩa khi phụ vụ cho triều đình và ở lại nơi sơn cốc, đặt tên cốc là Đoạn thù; Thạch Hạo Thiên muốn tự sát để tạ tội với Bạch Huyên vì cứ nghĩ rằng mình là người gây ân án mạng cho gia đình cô ...
Vẫn những mô-típ ân – oán, tình – thù, quan hệ thiện – ác, chính nghĩa – phi nghĩa, đố kỵ – cao thượng quen thuộc trong phim cổ trang Trung Quốc, Đoạn thù cốc là khúc ca bi tráng về người anh hùng Thạch Hạo Thiên với một triết lý xưa nhưng không cũ: cái thiện luôn chiến thắng cái các và chính nghĩa sẽ lên ngôi sau nhiều gian nan vất vả.